Замена материала

[e@gle]

Тут все зависит от того, в какой момент становится известно, что вместо основного материала будет использоваться вспомогательный.
Я вижу 2 основных варианта решения данной проблемы:
1) Если можно точно определить когда используется основной материал, а когда заменитель, то сделать так как вы предлагаете. 2 спецификации, 2 маршрута. Один на основной материал, второй на заменитель. Планирование сразу с учетом заменителей.
2) Если невозможно определить когда будет использоваться заменитель вместо основного, то сделать одну спецификацию и один маршрут для основного материала. А в момент потребления материала в цех можно уже потребить другой материал с другим количеством.
Можно реализовать вариант-симбиоз. Планировать по одной спецификации/маршруту. А перед запуском в цех изменять спецификацию/маршут, если это необходимо. Но такой вариант сложно реализуем, если у вас ведется планирование с ограничением по мощности.
Но по опыту могу вам сказать, что такие вещи обычно реализуются доработками интегратора под конкретные бизнес-процессы предприятия.