Проблема в том, что новый файл открывается в том же процессе, где идет обработка. В результате, при появлении окна с пользовательским запросом, блокируются обращения через COM-интерфейсы. Как только окно закрывается обработка может быть продолжена.
А нельзя каким-либо образом поймать эту ситуацию внутри Аксапты?
Править реестр у сотни юзеров, конечно, не вариант.