Но после загрузки Fob, например некоторые отчеты и карточка товара начили выдавать ошибку:
CU: 5804, function: CalculateAverageCost_0
Подскажите пожалуйста, как это исправить?
Как мне показалось, не все связи удалили у Вас при обновлении.
Включите Debugger и посмотрите где вываливается ошибка