Недавно столкнулись с аналогичной проблемой в AX3 SP5.
При детально проходе дебагером выяснили, что записи на которые ругается система в PurchBookVATProcessLogTrans_RU, имеют ссылки (поле settlementRecId) не на те сопоставления.
То есть при неоднократном сапоставлении одних и техже проводок, при котором старое сопоставление обновляется новым(то есть сопоставили, расопоставили и опять сопоставили), обновление поля settlementRecId и settlementDate в PurchBookVATProcessLogTrans_RU на новое сопоставление не происходит, в результате чего система не находит соответствующей записи обработки НДС фактуры, так как она ссылается на старое сопоставление,
которого в системе уже не существует (оно живет в истории, то так как оно не может быть реверсировано, то его система не видит).
Вообщем мы сделали так:
при обработке входящего НДС, при нахождении записи в PurchBookVATProcessLogTrans_RU с такими же: номером фактуры и ссылки на проводку, но разным полем settlementRecId, делать обновление этого поля, тоесть заменять его значением соответсвующей записи в tmpPurchBookVATProcessLogTrans_RU (там по коду все будет понятно) так как эта временная таблица уже содержит ссылку на новое правильное сопоставление