Попробую закрыть тему
1. Привязать левые накладные расходы к накладной по закупке пока нельзя. Ни в 2.5, ни в 3.0. Запрограммировать самостоятельно можно, только здесь надо думать над функциональной частью неделю, а потом сделать за пару дней. При переносе накладных расходов не забывать о том, что в 2.5 валюта накладного расхода не может отличаться от валюты накладной/закупки. А еще учесть скидки, налоги, налоги в цене и т.д. и т.п.
2. Вместо метода "создать накладную " есть класс CustVendVoucher, который сам изучит проводку CustVendTrans и, если в ней заполнено поле Invoice, попытается создать запись в журнале накладных.