Если не знать особенностей поведения Аксы - то проблемы есть.
Дело в том, что она пихает в экспорт все подряд метки, которые встретились в объектах, содержащихся в экспорте. И потом при импорте, зачастую, не понимает, что такие метки (в т.ч. стандартные) уже есть (точнее понимает, но действием по умолчанию почему-то выбирает "создать новую"). Поэтому проекты метками я переношу в 2 этапа - сначала объекты, потом вторым заходом либо выбирая объекты с измененными/новыми метками (чтобы ограничить список импортируемых меток на закладке "Метки", тогда разобраться проще), либо - сортируя список меток по предлагаемым действиям и меняя действия для явно уже существующих и как правило неизменяемых (ибо плохой тон) системных меток на "Не импортировать", ну а с новыми/измененными (их как правило, остается немного) действую сообразно ситуации. Где-то так...
И не давать неопытным разработчикам импортировать метки! А то потом половина репозитария "черная" из-за измененных меток (стандартных, залитых в режиме по умолчанию "Создать новую"). Я как-то имел счастье откатывать обратно такие импорты - работа та еще.
В случае 2х АОСов читать вот эту статью:
emeadaxsupport: How label flushing works under the hood