Вручную
Создаем закупку и разносим накладную по товарам (заполнив аналитику ГТД, если нужно).
Отдельно заводим закупки "услуг" по транспортировке, таможенным пошлинам и т.п. на нужных поставщиков (транспортная компания, таможня и т.д.), относим услуги на определенный счет ГК.
Если эти расходы включаем в себестоимость товаров, то дальше делаем вручную коррекцию проводок по закупке (в складском модуле) на сумму закупленных услуг, указав кор.счетом - тот самый "определенный счет ГК".