По-моему, Вы пытались найти в реализации функционала, реализованного по модели бережливого производства....реализацию под процесное. Поверьте, все можно исправить путем доработок.
Отходы и побочные продукты-это немного разное. отходы и брак-возможно и нужно сопоставить и заложить в нормы. Обычно это делается с использованием стандартного функционала-Процент отходов на n-ное количество продукции. А побочные продукты все-таки требуеют заведения номенклатуры. Чувствуете разницу!? Наверное, из технологических соображений в производственном учете это нужно. А вот из каких представлений_спорить не буду..не знаю..это постигается обычно в ходе проведения анализа и предпроектного обследования.