Цитата:
Создаю журнал инвентаризации на складе № 1 с определенной номенклатурой. Затем создаю еще один журнал инвентаризации на складе № 2 с этой же номенклатурой.
Кстати, вот здесь сам подход некорректный: наверняка, при создании строк вы не указали галку Складской аналитики, по которой подсчитывать остатки.
Каким образом вы определили этот склад?
Если бы вы указали галку Склад, при создании Журнала или строк, то система вывела бы две строки (например, для двух складов).