Мне кажется, что есть некий стереотип по поводу фраз а-ля "использование стандартной функциональности".
IMHO не стоит это отождествлять с "ни строчки кода" или "ни бита на USR-слое".
Наверное, правильнее будет поставить вопрос "не использование стандартной функциональности (если она есть)" или "разработка функциональности в разрез с идеологией стандартной функциональности" или "разработка функциональности, делающая невозможным использование стандартной функциональности". Не считаю, что это абсолютно точно. Но надеюсь, что ближе к истине.
Да, конечно, бывает, что стандартная функциональность есть, но не дописана немного (например, предложения по оплатам). Бывает что есть, но проработана не глубоко (например, бюдетирование). Но когда эта стандартная функциональность игнорируется, и пишется своя отдельно стоящая...
Еще важный аспект. Да, есть нарекания (особенно на российскую функциональность, хотя и в буржуйской проблем хватает). Да, система не совершенна, как и все мы. Но стандартный функционал в целом тесно интегрирован (переплетен) между собой. Есть такая тенденция, скажем так. Партнерские же разработки обычно плохо согласуются со стандартной функциональностью (особенно если их делают на проекте и не вынашивают планы сделать из них отраслевое решение, но даже последнее не сильно помогает).
Чтобы не повторяться, я старался описать проблему здесь
Как сильно модифицировано ваше приложение Аксапты? (в процентах)
Еще некоторые аспекты проблемы хорошо раскрыты здесь
ERP-BLOG: Обучение Аксапте. Структурирование реальности.