Интересная задумка была с OnTarget Modeler'ом. Продполагалось, что база объектов и связей между ними хранится в том же формате, что и база самого Navision...
Но это направление похоже загнулось.
Поэтому используйте то, к чему привыкли вы и ваши клиенты. Разницы никакой.