Насчет гемора, чтобы его не было, надо сразу указывать при оформлении внешние номера документов. : )
Как дело на практике происходит, мы оформляем покупку товаров, только при наличие счет-фактуры и накладной (насколько я знаю, но я не бухгалтер: ) ). Эти документы являютсчя учетными, они необходимы (именно поэтому их надо указывать). Счет-фактура, кажется для зачета НДС, а накладная тоже для чего-то нужна (что-то связано с товарным учетом).
Если же вы, против всех правил, вдруг решили учесть документ, не имея на руках счет-фактуру, то по-моему разработчики были очень предусмотрительны, что разрешили вам сделать это и притом помочь исправить возникающую ошибку всего лишь одним нажатием клавиши F2