На автоматическое сопоставление можно перейти всегда. Просто при запуске такового, сопоставяться только несопоставленные проводки. То есть - даже если вы руками насопоставляли чего-то - оно не помешает. И галка "Сопоставление по профилям" влияет только на сопоставление, а не на саму разноску проводок по персоналу.
Я правда рекомендую для начала прогнать автоматическое сопоставление на тестовой базе - а то мало ли чего
